ข้อเท็จจริงต้องพิจารณาก่อนการเจรจากลุ่มก่อความไม่สงบ
ความพยายามของกลุ่มบุคคลหลายฝ่ายที่ต้องการใช้แนวทางการเจรจากับกลุ่มก่อความไม่สงบ ยุติสถานการณ์ความรุนแรงใน จชต. แม้ว่าวัตถุประสงค์จะเป็นเรื่องที่ดีที่จะช่วยกันแก้ไขปัญหาข้างต้นที่ทวีความรุนแรงมาอย่างต่อเนื่องนับตั้งแต่ปี 2547 แต่มีความจำเป็นที่ต้องพิจารณาให้รอบครอบถึงสภาพความเป็นจริงที่เกิดขึ้นในพื้นที่ โดยควรต้องวิเคราะห์ถึงความเป็นจริงและผลกระทบที่จะตามมาหากมีการเจรจากับกลุ่มก่อความไม่สงบ เพราะอาจจะส่งผลกระทบต่อยุทธศาสตร์การแก้ไขปัญหาความไม่สงบของฝ่ายรัฐได้โดยฉับพลันหากแนวทางการเจรจากลายเป็นกระแสสามารถสร้างความสนใจในระดับนานาชาติ
สำหรับแนวทางพิจารณาถึงความเป็นจริงของสถานการณ์ทั้งของฝ่ายรัฐและกลุ่มก่อความไม่สงบ รวมทั้งผลกระทบที่ตามมากเมื่อมีการเจรจากับกลุ่มก่อความไม่สงบ มีดังนี้

การเจรจาเป็นการทำให้สถานการณ์ใน จชต.เป็นปัญหาสากลและขัดต่อแนวทางหรือโยบายของฝ่ายรัฐที่ต้องการให้เป็นปัญหาภายในประเทศหรือไม่ เนื่องจากว่าหากมีการนำเสนอผ่านสื่อมวลชนในต่างประเทศ ว่า ผลการเจรจาไม่ประสบผลสำเร็จแล้ว ย่อมทำให้เกิดภาพลบต่อฝ่ายรัฐ โดยอาจมีคนบางกลุ่มไม่หวังดีนำไปโฆษณาชวนเชื่อ ซึ่งจะทำให้ปัญหาในพื้นที่กลายเป็นจุดสนใจส่งผลให้เกิดการเคลื่อนไหวของกลุ่มก่อความไม่สงบหรือกลุ่มคนที่มีแนวความคิดแบบสุดโต่งเข้ามาในพื้นที่มากขึ้น เนื่องจากเห็นว่าไม่ใช้ปัญหาภายในแต่เป็นปัญหาของชาวมุสลิมทุกคน
การมุ่งหวังที่จะสามารถลดปัญหาความขัดแย้งในทันทีและเร็ววัน ขณะที่การเคลื่อนไหวของกลุ่มก่อความไม่สงบยังมีอุดมการณ์ต่อต้านอำนาจรัฐอย่างต่อเนื่อง และสภาพของกลุ่มฯได้เปลี่ยนแปลงอย่างไปอย่างมากนั้น เป็นการตอบสนองทางการเมืองหรือไม่ หากเป็นการตอบสนองทางการเมืองก็ไม่สามารถยุติปัญหาได้ทันที เนื่องจากเป็นการให้ความสำคัญภาพลักษณ์ของฝ่ายรัฐในระยะสั้น โดยยังไม่มีการเตรียมความพร้อมในเชิงโครงสร้างที่จะรองรับกับแนวทางดังกล่าวไว้เลย เช่น การเผยแพร่อุดมการณ์มีความซับซ้อนและยังเป็นตัวขับเคลื่อนที่เชื่อมโยงกับการต่อสู่ในต่างประเทศ จึงไม่สามารถยุติได้เร็ววัน เพราะยังไม่มีกลไกใดสามารถยุติปัญหาดังกล่าวได้

การใช้การเจรจาที่หลายฝ่ายอ้างว่าเป็นการกวนน้ำให้ขุ่นเพื่อทำให้เห็นว่าใครแกนนำของกลุ่มก่อความไม่สงบตัวจริงนั้น จะทำให้แกนนำที่แท้จริงปรากฏตัวหรือไม่ เนื่องจากในทางกลับกันน่าจะถูกฉกฉวยจากนักฉวยโอกาสที่แสวงประโยชน์ แม้ว่าจะทำให้กลุ่มก่อความไม่สงบอาจเกิดความขัดแย้งกันเอง แต่ในอีกทางหนึ่งน่าจะเป็นสาเหตุที่ทำให้กลุ่มฯมีความระมัดระวังในการปฏิบัติการทางลับมากขึ้น รวมทั้งยังจะเพิ่มความรุนแรงในพื้นที่ เพื่อเป็นการแสดงให้เห็นว่าแกนนำที่ไปเจรจาไม่มีอำนาจในการควบคุมสถานการณ์ในพื้นที่

แกนนำของกลุ่มก่อความไม่สงบที่มีการเจรจาสามารถควบคุม/สั่งการแนวร่วมได้หรือไม่ รวมทั้งกลุ่มก่อความไม่สงบมีเอกภาพหรือไม่อย่างไร เนื่องจากในระยะหลังได้เกิดปรากฏการณ์แนวร่วมใหม่ปฏิเสธความช่วยเหลือจากแกนนำรุ่นเก่า รวมทั้งการปรับตัวของกลุ่มก่อความไม่สงบในปัจจุบันเป็นเครือข่ายที่มีความเป็นอิสระระหว่างกันและเครือข่ายมีรูปแบบ Flat Organization ซึ่งมีความแตกต่างจากองค์กรของกลุ่มก่อความไม่สงบในอดีตที่มีลักษณะสั่งการจากข้างบนลงล่าง เมื่อเป็นเช่นนี้แล้วอำนาจการสั่งการไม่ได้ขึ้นกับแกนนำคนเดียว แต่แกนนำจะเกิดขึ้นมาจากการสนับสนุนจากแนว ส่งผลอำนาจการตัดสินใจได้กระจายออกไปสู่เครือข่ายของแกนนำต่างๆ นอกจากนี้ หากเจรจาประสบผลไม่ได้หมายความว่าแนวร่วมจะยุติบทบาทลงได้ในทันที เพราะในด้านจิตวิทยาแล้วอุดมการณ์จะมีลักษณะติดตัวจนไม่สามารถลบออกในทันทีโดยต้องรอเวลาจนกว่าแนวร่วมหมดอายุไข รวมทั้งแนวร่วมในปัจจุบันส่วนหนึ่งเป็นแนวร่วมที่ผสมผสานระหว่างกึ่งอุดมการณ์และผลประโยชน์ หรือบางส่วนมีลักษณะ Commercial Insurgent จึงสามารถสร้างสถานการณ์ได้หากมีการเสนอผลประโยชน์ตอบแทน

การเจรจาต้องดำเนินการในทางลับหากมีการเปิดเผยจะส่งผลเสียมากว่าผลดีอย่างไร แม้ว่าการเจรจาที่ผ่านจะดำเนินการโดยส่วนตัวแต่ในมุมมองจากสื่อต่างประเทศจะเห็นว่าเป็นความพยายามจากฝ่ายรัฐ รวมทั้งคงปฏิเสธไม่ได้ว่าจะส่งผลกระทบต่อฝ่ายรัฐเช่นกัน เนื่องจากจะเป็นการตั้งความหวังกับประชาชนรวมทั้งสามารถเรียกร้องความสนใจจากต่างประเทศได้มากส่งผลให้องค์กรในต่างประเทศเกิดความสนใจมากขึ้น อาจนำไปเป็นประเด็นในการพิจารณาและแทรกแซงในอนาคต

สำหรับการเจรจาที่ อินโดนีเซียระหว่าง 21-22 ก.ย.51 โดยมีนาย Yusuf Kalla รอง ปธ.อินโดนีเซียเป็นตัวกลาง โดยรายงานของสำนักข่าวต่างประเทศระบุว่ามีตัวแทนของฝ่ารัฐบาลไทย คือ พล.ท.ขวัญชาติ กล้าหาญ อดีตแม่ทัพภาคที่4/ที่ปรึกษา รมว.กห. มีการเจรจากับตัวแทนกลุ่มก่อความไม่สงบ คือ นาย Wahyuddin Muhammad เป็นตัวแทนนั้น ในเบื้องต้นไม่น่าส่งผลให้สถานการณ์ลดความรุนแรงลง เนื่องจากตัวแทนการเจรจาไม่ใช้แกนนำที่สำคัญของกลุ่มฯ และที่ผ่านมายังไม่มีการเจรจาครั้งไหนจะสามารถยุติปัญหาใน จชต.ได้ซักครั้งหนึ่ง โดยผลกระทบที่ตามมาน่าจะส่งผลกระทบกับฝ่ายรัฐมากกว่าเพราะจะถูกกลุ่มฯนำไปโฆษณาได้ว่าฝ่ายรัฐไม่มีความจริงใจ เพราะไม่มีการตอบสนองจากผู้ที่รับผิดชอบที่แท้จริง เนื่องจากฝ่ายรัฐไม่มีนโยบายในการเจรจา นอกจากนี้ เปิดเผยในช่วงที่รัฐบาลใหม่กำลังจัดตั้งรัฐบาลน่าจะมีผลประโยชน์ทางการเมืองแอบแฝงมากกว่ามุ่งสำเร็จในระยะยาว
การเจรจาเป็นเรื่องสำคัญเพราะการแต่งตั้งตัวแทนต้องมีความชอบธรรมที่เกิดขึ้นจากการยอมรับจากหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ซึ่งที่ผ่านมายังไม่มีลักษณะเป็นทางการ เพราะขัดต่อแนวทางการแก้ไขปัญหาที่จะกำหนดขอบเขตให้เป็นปัญหาภายในประเทศ และสถานการณ์ยังไม่เหมาะสม แต่การเจรจาที่ผ่านมามักทำเป็นการส่วนตัวและมีผลประโยชน์ทางการเมืองแอบแฝงมากกว่าการมุ่งกระทำเพื่อผลประโยชน์ของชาติในระยะยาว ประกอบการใช้แนวทางดังกล่าวต้องพิจารณาถึงความเป็นจริงข้างต้นด้วย ซึ่งจะทำให้เห็นว่าการเจรจามีความจำเป็นในขณะนี้หรือไม่